.ePub, .ePub2, ePub3 (Electronic PUBlishing от Adobe) - самый распространенный в мире. По сути это веб-сайт упакованный в архив. Поддерживается практически всеми ридерами.
.FB2 (FictionBook) - формат (стандарт), разработанный Дмитрием Грибовым. Идеален для создания электронных книг, отлично структурирует книг, занимает малый объем, хорошо конвертируется в другие форматы. По сути это XML-файл. Но в мире почти не известен и потому мало какой западный ридер его поддерживает. Его поддерживают почти все русские, украинские и китайские ридеры.
.MOBI (Amazon Kindle) - формат для ридера Amazon Kindle. Другие ридеры его не не поддерживает. Тут поможет конвертер.
.PDF (Portable Document Format от Adobe) - распространенный формат электронных документов: инструкций книг. Как правило качественный, удобно читать, на компьютере, содержит хорошее форматирование, вставленные картинки, графику. Достаточно сказать, что книги, газеты в печать отдают в этом формате. Для ридеров подходит не очень, не влезает в окно, свое деление на страницы... Впрочем этот формат поддерживается практически везде.
.DjVu (дежавю) - собранные и сжатые отсканированные документы, к слову, не очень высоко разрешение. Ридеры редко поддерживают. Формат отвратительный, но легче всего создать книгу, потому некоторые книги, особенно словари со многими языками, старинные книги ... чаще найти только в этом формате. Рекомендую только, если других вариантов нет.
.RTF (Rich Text Format) - универсальный формат для текстовых документов. Можно самому подредактировать или создать. Ридеры редко поддерживают. Рекомендуют переконвертировать в ePub.
.DOC - формат Microsoft Office. Можно самому подредактировать или создать. Не все ридеры поддерживают. Вот как-то не для того они сделаны. Рекомендуют переконвертировать в ePub.
.TXT - просто текстовый файл, без форматирования, книга откроется любой программой. Можно самому подредактировать или создать.
.JAVA - для чтения на мобильном телефоне. Поддерживают практически все телефонов.
Это далеко не все форматы, их гораздо больше. Но это основные, остальные специфические.
